2017年，我校跻身国家“双一流”建设高校和江苏高水平大学建设高校。学校在建校之初就系统构建了中医药学科体系，确立了我国现代中医药学的院校教育模式，习近平总书记称赞“南京中医药大学是国内办学最早的中医药院校之一，教研实力雄厚、办学经验丰富”。建校60多年来，我校始终没有停止过对人才培养模式的改革探索和学科体系的优化构建。近年来，学校不断提升服务健康中国和健康江苏建设的能力和水平，构建了完整的服务生命全周期的中医药学科专业体系，围绕“办精本科教育”“办强研究生教育”的办学定位，坚持立德树人、深化医教协同，继续引领中医药高等教育改革和发展的潮流。
与中科院药物研究所联合培养 首招9年制“本博连读”中药学专业
2018年，我校与中国科学院药物研究所签约合作共建“新中药学院”，联合培养中药学拔尖创新人才，该学院今年首推的4+5本博连读一体化培养模式，计划招生30人，采用长学期与短学期相结合的方式，打破学科壁垒，临床应用与现代药学研究结合。以中国科学院药物研究所一流的师资队伍和雄厚的科研实力为基础，本科阶段“一对一”配备导师,以“新中药学院”“康缘中药学院”等院系为平台，与相关院所、企业合作承担重大研究项目，培养学贯中西、具有国际竞争力的卓越科学家。
培养卓越医生（中医） 继续推行中医拔尖创新人才培养模式
2015年，我校入选教育部和国家中医药管理局“中医拔尖创新人才培养模式改革（9年制）”项目，并于当年开始招生。以培养卓越中医师为目标，按照“学贯中西、大师潜质、国际视野、追求卓越”的要求，突出因材施教的教育理念，集中优质师资资源、创新教育教学方法，精心设置知识、能力和素质协调发展的课程模块，培养学生深厚的中医文化底蕴、严谨的现代科学素养和开阔的国际视野，坚持实践育人、海外研修、专题研究和名医师承，有机融合院校教育和师承教育，将专业办学设置在本身就具有鲜明改革特质和创新特征的“整合医学学院”，突破校本部的范围进行办学资源配置。
同时，我校入选“中医拔尖创新人才培养模式改革（“5+3”一体化）”项目，从2015年起招收中医学（本硕连读“5+3”一体化）学生，该专业的学生前5年完成本科阶段的课程学习与实习，后3年进行临床各科轮转和专科学习，并完成住院医师规范化培训及硕士学位的培养。中医学9年制、8年制的学生毕业后，可以同时获得执业医师资格证书、住院医师规范化培训合格证书和研究生毕业证书、博士或者硕士学位证书，“四证合一”制度实现了院校教育和行业培训体系之间的有效衔接。
至此，我校在中医药院校最为主干的中医学和中药学两个专业中，率先同时开展了9年制长学制拔尖创新人才培养模式改革，通过生动实践切实落实习近平总书记“切实把中医药这一祖先留给我们的宝贵财富继承好、发展好、利用好”的指示精神。